El origen de la actual parroquia de San Sebastián se remonta a tiempos de la conquista cristiana, cuando preparando el cerco de la ciudad musulmana, el rey Fernando III «El Santo», ordena la construcción de una ermita en el lugar que hoy ocupa la iglesia. Este templo se levanta con la finalidad de servir al culto de la imagen de la Virgen que sería poco tiempo más tarde patrona de la ciudad conquistada, la Virgen de los Reyes.
La iglesia de San Sebastián en Sevilla se encuentra en el barrio llamado El Porvenir, zona residencial situada a las afueras del casco histórico tradicional de la ciudad que comenzó a edificarse en 1920 sobre los terrenos que ocupaba el antiguo cementerio llamado también de San Sebastián.
El estilo arquitectónico predominante en el templo es el mudéjar, pudiéndose definir así tanto por el planteamiento estructural del templo, como por los elementos principales y de mayor calidad e interés artístico que posee: su portada, de líneas que claramente la enmarcan en la arquitectura de finales del siglo XV, y el artesonado de la nave central, obra de grandes dimensiones y perfecta ejecución en el trabajo de la «carpintería de lo blanco».
El actual uso como iglesia parroquial de la Diócesis comienza por la creación de una filial de la vecina parroquia de San Bernardo, ante el auge de población experimentado en este nuevo sector de la ciudad desde finales del siglo XIX, y es que en 1956 consigue el título de parroquia con la tradicional advocación que la historia le había otorgado desde el momento de su creación por los genoveses, la de San Sebastián.
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